Szczegółowe zasady postępowania z zakaźnymi odpadami medycznymi i weterynaryjnymi regulują przepisy Działów II i VII ustawy z dnia 14 grudnia 2012 o odpadach (t.j. Dz. U. z 2013r. poz. 21 ze zm.). Właściwą metodą ich unieszkodliwiania jest termiczne przekształcanie w spalarniach odpadów niebezpiecznych (art. 95 ust. 2), a prowadzenie unieszkodliwiania tych odpadów wymaga zgody Głównego Inspektora Sanitarnego (art. 41 ust. 7).
W gospodarowaniu zakaźnymi odpadami medycznymi weterynaryjnymi obowiązuje zasada bliskości, o której mowa w art. 20 ustawy o odpadach. Zgodnie z tą zasadą, odpady w pierwszej kolejności poddaje się przetwarzaniu w miejscu ich powstania, zgodnie z hierarchią sposobów postępowania z odpadami. Zgodnie z przepisami, odpady te powinny być unieszkodliwiane na obszarze województwa, w którym zostały wytworzone. Ustawa zabrania również przywożenia na teren województwa odpadów wytworzonych na terenie innych województw. Jeżeli na obszarze województwa nie ma instalacji do unieszkodliwiania tych odpadów lub istniejące instalacje nie mają wolnych mocy przerobowych, ustawa dopuszcza unieszkodliwianie tych odpadów w najbliżej położonej instalacji na terenie innego województwa.
Ponadto, jeżeli odległość od miejsca wytworzenia odpadów do miejsca ich unieszkodliwienia położonego na terenie innego województwa jest mniejsza niż do miejsca położonego na terenie tego samego województwa, dopuszcza się unieszkodliwianie odpadów w instalacji położonej najbliższej (art. 20 ust. 6, w związku z ust. 5), choć nie jest to obligatoryjne. Naruszenie zasady bliskości stanowi wykroczenie i w myśl art. 172 ustawy o odpadach grozi odpowiedzialnością karną.